Российские ученые выяснили, что Т-клетки примерно 90% привитых и переболевших ковидом россиян одинаково эффективно справляются с частицами коронавируса, которые относятся к двум главным подвидам штамма «омикрон», BA.1 и BA.2. Об этом сообщила пресс-служба НИУ ВШЭ.
«Биоинформатический анализ показал, что штамму «омикрон» не удалось скрыться ни от одного варианта комплекса гистосовместимости, за исключением молекулы HLA-DRB1*03:01. <…> Скрылся наиболее важный белок вируса. Причем уклоняются от распознавания оба варианта омикрона — и BA.1, и BA.2, так называемый стелс-омикрон», — говорится в сообщении.
Появление штамма «омикрон» усилило опасения ученых, что в ближайшее время могут появиться новые разновидности коронавируса, стойкие к действию вакцин и антител. Группа ученых под руководством Александра Тоневицкого, декана факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ, заинтересовались, как новые вариации SARS-CoV-2 будут взаимодействовать с еще одним ключевым компонентом иммунитета, так называемым главным комплексом гистосовместимости.
Так ученые называют особый набор генов в шестой хромосоме человека, которые кодируют набор белков, играющих ключевую роль в приобретении иммунитета к SARS-CoV-2 и другим вирусам. Они отвечают за транспортировку фрагментов белков этих патогенов на поверхность клетки и их последующую передачу в Т-клетки, что помогает им распознавать зараженные тельца и впоследствии уничтожать их.
Защита от штамма «омикрон»
Как объясняют Тоневицкий и его коллеги, геном каждого человека содержит несколько десятков вариаций генов из семейства HLA, чья комбинация определяет то, насколько он уязвим к разного рода инфекциям. Российские ученые впервые детально изучили, как различия в устройстве всех распространенных подтипов этих генов влияли на характер взаимодействий иммунитета с двумя главными вариациями штамма омикрон.
Для этого исследователи использовали разработанный ими алгоритм T-CoV, позволяющий быстро просчитать, как будут взаимодействовать Т-клетки человека с белками оболочки коронавируса. Для этих расчетов ученые использовали данные по разнообразию белков HLA, характерных для жителей Москвы, а также данные по структуре белков штамма «омикрон».
Как оказалось, иммунные клетки одинаково эффективно распознают омикрон BA.1 и BA.2 в подавляющем большинстве случаев. При этом ученые обнаружили сразу несколько вариаций главного комплекса гистосовместимости, чьи белки начали хуже распознавать и соединяться с белками оболочки двух главных вариаций штамма «омикрон» по сравнению с прошлыми разновидностями SARS-CoV-2.
Сильнее всего эти перемены затронули носителей варианта HLA-DRB1*03:01. Их Т-клетки потеряли способность прочно связываться с S-белком омикрона BA.1 и BA.2, что биологи подтвердили в ходе опытов на культурах этих иммунных телец. По этой причине ученые предполагают, что люди с этой формой главного комплекса гистосовместимости будут тяжелее переносить инфекцию, что необходимо учитывать при их диагностике и лечении COVID-19.
